构建进化树的简单方法
We observed an overall improvement of the phylogenetic accuracy after trimming. Using -automated1 option of trimAl, the trimmed alignment always produced Maximum Likelihood trees that were of equal (36%) or significantly better (64%) quality as compared with the tree derived from the complete alignment. For Neighbor Joining reconstruction the -strictplus option of trimAl worked best, improving the phylogenetic accuracy in 89% of the scenarios. In most scenarios (90%), trimAl outperformed Gblocks v0.91b with default parameters.
- trimAl可实现自动化剔除可疑序列，必须通过-resoverlap和-seqoverlap两个参数进行设置，但是这两个参数后面必须跟上具体的阀值。-resoverlap参数的意思是一个位置与列中其他位置的最小重叠被认为是“好位置”，-seqoverlap参数的意思是序列必须具有的“好位置”的最小百分比才能被保存。(关于上述的解释，最好可以查看trimAl官方说明书，里面记录上述相关重叠的计算详解)。在说明书举例中，作者分别使用的阀值是-resoverlap 0.75 和-seqoverlap 80，大家可做参考。
-resoverlap Minimum overlap of a positions with other positions in the column to be considered a "good position". (see User IQ Option教程 Guide).
-seqoverlap Minimum percentage of "good positions" that a sequence must have in order to be conserved. (see User Guide).
构建进化树的简单方法
We observed an overall improvement of the phylogenetic accuracy after trimming. Using -automated1 option of trimAl, the trimmed alignment always produced Maximum Likelihood trees that were of equal (36%) or significantly better (64%) quality as compared with the tree derived from the complete alignment. For Neighbor Joining reconstruction the -strictplus option of trimAl worked best, improving the phylogenetic accuracy in IQ Option教程 89% of the scenarios. In most scenarios (90%), trimAl outperformed Gblocks v0.91b with default parameters.
- trimAl可实现自动化剔除可疑序列，必须通过-resoverlap和-seqoverlap两个参数进行设置，但是这两个参数后面必须跟上具体的阀值。-resoverlap参数的意思是一个位置与列中其他位置的最小重叠被认为是“好位置”，-seqoverlap参数的意思是序列必须具有的“好位置”的最小百分比才能被保存。(关于上述的解释，最好可以查看trimAl官方说明书，里面记录上述相关重叠的计算详解)。在说明书举例中，作者分别使用的阀值是-resoverlap 0.75 和-seqoverlap 80，大家可做参考。
-resoverlap Minimum overlap of a positions with other positions in the column to be considered a "good position". (see User Guide).
-seqoverlap Minimum percentage of "good positions" that a sequence must have in order to be conserved. (see User Guide).
海思平台ISP系列从零开始：一、PQTools工具的使用总结
斟茶兵 于 2020-08-18 10:34:06 发布 4849 收藏 22
一. PQTools 工具使用方法
正所谓工欲善其事必先利其器，磨刀不误砍柴工， 想要在海思平台开始IQ, IQ Option教程 就得利用海思SDK中提供的PQTools工具，这个工具作的很好的，里边有很多图像分析的工具，下面就开始介绍：
在此目录中，主要使用其中的三个包来进行IQ调试。 HIPQTools 这个目录中存放的是在Win端的IQ调试以及一些图像测试、标定等相关的专业工具，ITTP_Stream_V5.1.2目录为点播工具，可以从win端直接显示sensor的图像，Hi3516CV500_PQ_V2.0.2.0这个目录是存放了一些关于sensor的配置文件与库以及ISP相关的库，这个目录需要在板端运行，可以通过远程挂载，或者直接拷贝到板端进行使用。
这个工具包中存放了一些执行脚本，以及一些配置文件， 一般使用 HiIspTool.sh 就可以进行远程点播与调试，具体的方法如下：
./HiIspTools 加一下执行时的选项， -c 表示只执行control共能，既只进行IQ的调试， -s 表示执行Stream功能，只进行点播，-a 表示执行所有的配置项，将上述的两种功能都进行执行。 执行 -a 与 -s 时， 因为需要进行点播功能，则需要指定输出的sensor, 该sensor 的库文件必须在 libs 目录中存在，并且配置文件在configs 中存在该sensor的相关配置。
在执行 -a 或 -s 命令时， 需要添加指定的配置路径，具体的配置文件在 configs 目录中， 以sc2310 为例： ./HiIspTools -a sc2310 0 ， “sc2310” 为configs 目录中的配置文件夹，这个根据自己使用的sensor来确定， 0 表示配置文件sc2310中 config_entry.ini 配置文件指定的mode 0, 可以自己进行指定，我使用的mode模式为 0：lean 1:wdr。这个配置文件可以自己进行灵活的配置，配置项有文档说明：图像质量调试工具使用指南.pdf，该文档中用详细的说明，原厂给的ini配置文件并不能使用，因此就自己进行了配置，配置的链接感兴趣的可以进行下载：sc2310_configs。但是我还是建议自己进行配置，这样可以把整个配置文件的思路理清，其实也就是海思图像方面的pipeline。 启动 -s 或 -a 命令后，并且执行成功，就可以在pc 端执行点播工具进行查看。工具在 ITTP_Stream_V5.1.2 目录中。
在执行-c 命令时，有个前提需要将ISP 业务启动，可以通过跑自己的测试程序，可以是跑工程的项目，必须得有个ISP业务启动，并且正确才能执行 -c 命令。启动 -c 之后就可以在PC 端打开 PQTools 调试工具进行ISP 的调试。
ITTP_Stream_V5.1.2
这个工具包中包含了PC 端点播工具的一些库与执行程序，只要在前面所说的步骤中，将板端的业务启动，PC 端进行远程的链接基本就会成功，如果失败的话，查看板端的打印信息，多数情况是配置文件的错误， 此处有个很折腾人的地方： ISP 业务只能同时有一个启动， 就是如果启动了测试程序或者工程程序的话， 就不能再启动 -a / -s 。 只有执行了 ./HiIspTool -as 停止所有的业务之后，再启动 -a / -s 才可以执行成功。这里折腾了很久，也算是前车之鉴了。
这个目录没什么特殊的说明，在PC端执行程序就可以， 前提就是板端 -c / -a 的命令启动之后。
这三个工具的使用总结： -a 只启动所有的业务 all , 包括stream 视频流，就是点播工具， control 就是调试工具。 但是前提就是需要指定 输入的sensor, 以及配置的模式。 -c 单独启动 control 调试工具， 前提是ISP 业务启动。 -s 单独启动 stream 点播工具， 前提跟 -a 一样。 -a / -s 都有一个很重要的前提，ISP 业务在执行前不能启动。 需要关闭业务再执行 -a / -s。 （我想问题的原因应该就在 配置文件中， 配置文件中指定了 devices, vi, vpss, pipe 等出流的必配模块，如果将这些绑定对应关系进行修改的话， 按道理应该可以与工程程序同时进行启动的，这样就可以通过屏幕来显示图像，有兴趣的朋友可以进行测试一下，我后续也会进行测试，如果测试成功的话，后边会继续更新。）
海思平台ISP系列从零开始：一、PQTools工具的使用总结
斟茶兵 于 2020-08-18 10:34:06 发布 4850 收藏 22
一. PQTools 工具使用方法
正所谓工欲善其事必先利其器，磨刀不误砍柴工， 想要在海思平台开始IQ, 就得利用海思SDK中提供的PQTools工具，这个工具作的很好的，里边有很多图像分析的工具，下面就开始介绍：
在此目录中，主要使用其中的三个包来进行IQ调试。 HIPQTools 这个目录中存放的是在Win端的IQ调试以及一些图像测试、标定等相关的专业工具，ITTP_Stream_V5.1.2目录为点播工具，可以从win端直接显示sensor的图像，Hi3516CV500_PQ_V2.0.2.0这个目录是存放了一些关于sensor的配置文件与库以及ISP相关的库，这个目录需要在板端运行，可以通过远程挂载，或者直接拷贝到板端进行使用。
这个工具包中存放了一些执行脚本，以及一些配置文件， 一般使用 HiIspTool.sh 就可以进行远程点播与调试，具体的方法如下：
./HiIspTools 加一下执行时的选项， -c 表示只执行control共能，既只进行IQ的调试， -s 表示执行Stream功能，只进行点播，-a 表示执行所有的配置项，将上述的两种功能都进行执行。 执行 -a 与 -s 时， 因为需要进行点播功能，则需要指定输出的sensor, 该sensor 的库文件必须在 libs 目录中存在，并且配置文件在configs 中存在该sensor的相关配置。
在执行 -a 或 -s 命令时， 需要添加指定的配置路径，具体的配置文件在 configs 目录中， 以sc2310 为例： ./HiIspTools -a sc2310 0 ， “sc2310” 为configs 目录中的配置文件夹，这个根据自己使用的sensor来确定， 0 表示配置文件sc2310中 config_entry.ini 配置文件指定的mode 0, 可以自己进行指定，我使用的mode模式为 0：lean 1:wdr。这个配置文件可以自己进行灵活的配置，配置项有文档说明：图像质量调试工具使用指南.pdf，该文档中用详细的说明，原厂给的ini配置文件并不能使用，因此就自己进行了配置，配置的链接感兴趣的可以进行下载：sc2310_configs。但是我还是建议自己进行配置，这样可以把整个配置文件的思路理清，其实也就是海思图像方面的pipeline。 启动 -s 或 -a 命令后，并且执行成功，就可以在pc 端执行点播工具进行查看。工具在 ITTP_Stream_V5.1.2 目录中。
在执行-c 命令时，有个前提需要将ISP 业务启动，可以通过跑自己的测试程序，可以是跑工程的项目，必须得有个ISP业务启动，并且正确才能执行 IQ Option教程 -c 命令。启动 -c 之后就可以在PC 端打开 PQTools IQ Option教程 调试工具进行ISP 的调试。
ITTP_Stream_V5.1.2
这个工具包中包含了PC 端点播工具的一些库与执行程序，只要在前面所说的步骤中，将板端的业务启动，PC 端进行远程的链接基本就会成功，如果失败的话，查看板端的打印信息，多数情况是配置文件的错误， 此处有个很折腾人的地方： ISP 业务只能同时有一个启动， 就是如果启动了测试程序或者工程程序的话， 就不能再启动 -a / -s 。 只有执行了 ./HiIspTool -as 停止所有的业务之后，再启动 -a / -s 才可以执行成功。这里折腾了很久，也算是前车之鉴了。
这个目录没什么特殊的说明，在PC端执行程序就可以， 前提就是板端 -c / -a 的命令启动之后。
这三个工具的使用总结： -a 只启动所有的业务 all , 包括stream 视频流，就是点播工具， control 就是调试工具。 但是前提就是需要指定 输入的sensor, 以及配置的模式。 -c 单独启动 control 调试工具， 前提是ISP 业务启动。 -s 单独启动 stream 点播工具， 前提跟 -a 一样。 -a / -s 都有一个很重要的前提，ISP 业务在执行前不能启动。 需要关闭业务再执行 -a / -s。 （我想问题的原因应该就在 配置文件中， 配置文件中指定了 devices, vi, vpss, pipe 等出流的必配模块，如果将这些绑定对应关系进行修改的话， 按道理应该可以与工程程序同时进行启动的，这样就可以通过屏幕来显示图像，有兴趣的朋友可以进行测试一下，我后续也会进行测试，如果测试成功的话，后边会继续更新。）